Deixou Stockbridge em fevereiro de 1757, para ser o segundo presidente do College of New Jersey (que mais tarde passaria a ser Princeton). Uma semana depois de ter chegado a Princeton, foi vacinado contra varíola e veio a morrer dessa terrível doença menos de um mês depois. Está sepultado ao lado da sua amada esposa, Sara, no cemitério defronte da Princeton University. O corpus literário de Jonathan Edwards compõe-se de tipos variados. Já no início da sua carreira, ele começou a publicar sermões